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中心成立于2004年，隶属菏泽市卫生健康委员会领导下的全额事业单位，承担了原市卫生防疫站在疾病预防控制和卫生监测检验等方面的工作。中心设有7个管理科室，12个业务科室。市疾控中心加挂市预防医学研究所、市卫生监测检验中心牌子，是山东第一医科大学、菏泽医专公共卫生专业学生实习基地。

中心主要职责：完成国家、省下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展本地疾病暴发调查处理和报告；负责辖区内预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作；调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理辖区疫情及相关公共卫生信息；承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务；组织开展健康教育与健康促进；负责对下级疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导辖区内医疗卫生机构传染病防制工作。