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北京妇产医院创建于1959年6月，其前身是直属中央卫生部的北京市立妇幼保健实验院，我国著名妇产科专家林巧稚担任医院首任院长。1983年被世界卫生组织（WHO）批准为围产保健研究和培训合作中心，1998年更名为母婴和妇女保健研究及培训中心，1992年成为我国首批符合国际标准的爱婴医院之一，1994年被首都医科大学批准为首都医科大学附属北京妇产医院，同年建立了妇产科学硕士研究生培养点，2000年成为首都医科大学妇产医学院。2002年6月由北京市政府投资兴建的集北京妇产医院、北京市妇女保健所、北京市儿童保健所、北京市计划生育技术研究指导所功能为一体的东院区在朝阳区姚家园路落成。医院随之更名为首都医科大学附属北京妇产医院北京妇幼保健院。从此为一院两址。

2002年成为首都医科大学妇产科博士生培养点，2005年成为首都医科大学妇产科学系挂靠单位，住院医师规范化培训基地。先后成为遗传诊断研究中心、北京市产前诊断中心、北京市高危孕产妇会诊中心、北京市新生儿疾病筛查中心。2006年成立北京市妇科微创诊治中心，2007年成为卫生部妇科内镜诊疗技术培训基地，2008年成为北京市中医药管理局中西医结合妇科重点学科，2010年产科、妇科被卫生部评为国家临床重点专科项目建设单位，2010年成为卫生部围产营养项目示范中心。2014年成为国家级住院医师培训基地，2016年成立博士后流动站。2020年获批“国家更年期保健特色专科建设单位”。

目前，年门、急诊量达120多万人次、住院34000多人次、出生新生儿14000余名。 经过64年的建设，医院已从建院当年的产科、妇科两个临床科室，发展为有围产医学部、新生儿科、母胎医学科、产前诊断中心、妇科、妇科微创中心、妇科肿瘤科、计划生育科、生殖医学科、内分泌科、中医科、放射科、超声科、检验科、围产保健管理科、新生儿疾病筛查管理科、妇女保健科等30多个医疗、医技、保健科室的三级甲等妇产专科医院。