中心经凉山州委、州人民政府批准，成立于2002年3月（前身是卫生防疫站），现办公地址在西昌市航天大道二段。州疾控中心是州卫生计生委直属的具有独立法人资格的卫生事业单位。单位编制人员数为143人，现有万元以上卫生检验医疗防控设备40台套，能独立开展卫生疾控工作并承担第三方公证检验。

目前单位内设机构有办公室、人事科、后勤科、退管科等行政科室四个，有急性传染病预防控制所、慢性传染病预防控制所、地方病与慢性非传染病预防控制所、免疫规划所、性病艾滋病预防控制所、职业病防治所、公共卫生监测所、卫生检验所、健康教育所、预防医学门诊部等业务所（部）十个。

凉山州疾控中心是维护人群健康、预防与控制疾病的卫生事业机构，担负着凉山州卫生监测、急慢性传染性疾病、慢性非传染性疾病、地方病的预防与控制；负责具体指导、筹划、督导全州的疾病预防控制工作，拟定近期目标与中长期规划，建立健全科学有效的疾病预防控制长效机制；指导和组织调查处理全州境内发生的重大传染病疫情、新发传染病、群体性不明原因疾病、食物中毒等突发公共卫生事件，为救灾防病和解决重大公共卫生问题提供技术支持；组织开展全州免疫规划工作；负责全州疾病预防控制业务人员的技术培训、进修、业务指导；负责组织开展全州健康教育与健康促进；负责全州疾病预防控制及有关公共卫生信息的报告（特别是全州疫情网络直报）、管理和预测预报分析，为疾病预防与控制决策提供科学依据；开展卫生防病检验和实验室质量控制，对放射设备等进行技术审验和卫生质量检验、鉴定；执行职业工作场所环境监测、职业人员的健康体检与监护，对新建、扩建、改建建设项目的选址、设计和竣工验收进行相关的卫生学评价；面向社会提供相关的预防保健信息、健康咨询和预防医学诊疗等专业技术服务；为国家、省、州拟定与疾病预防控制和公共卫生相关的法律、法规、政策、标准、规划等提供科学依据，为上级行政领导部门及时提供参考的疾病预防控制策略、方法、目标、计划。

中心建立以来，在州委州政府和州卫生局的正确领导下，始终坚持党的卫生工作方针，坚持科学发展观和改革开放，在对全州疾病预防控制、卫生监测、健康教育、科研培训和爱国卫生6大系列开展工作。

中心职工长期拼搏在疾病预防控制的第一线，为凉山在上世纪七十年代消灭了天花，八十年代起，控制了脊髓灰质炎、克山病、地甲病、回归热、疟疾、麻风病、霍乱、肝炎、伤寒、出血热、钩端螺旋体病、血吸虫病、劳动卫生职业病等危害我州人民群众健康的传染性疾病和非传染性疾病。中心工作多次受到国家卫生部、省政府、省卫生厅和州委州政府的表彰和奖励，为凉山经济发展、社会稳定、人民健康保驾护行作出了重大贡献。